Pengadaan rapat ini bertujuan untuk mengkoordinasikan seluruh program kerja dari setiap departemen HMJ IPA Unesa, baik yang sudah terlaksana maupun yang belum terlaksana. Rakoor (Rapat Koordinasi) diadakan setiap tiga bulan sekali dan diikuti oleh seluruh anggota HMJ IPA Unesa. Dalam satu periode ini, telah diadakan Rakoor sebanyak dua kali yaitu pada Hari Sabtu (25/4) dan Hari Minggu (20/9). Pada tahun 2020, rapat koordinasi dilakukan secara online dikarenakan dikarenakan kondisi saat ini masih terdapat wabah virus Covid-19 sehingga pemerintah menganjurkan untuk melakukan semua kegiatan di rumah. Acara ini diadakan di platform Google Meet. Rakoor diawali dengan presensi kemudian setiap Kepala Departemen (Kadep) menyampaikan seluruh program kerja yang sudah dan belum terlaksana. Program kerja yang sudah terlaksana disampaikan secara mendetail meliputi tanggal pelaksanaaan dan mekanisme kegiatannya. Bagi program kerja (progja) yang belum terlaksana cara penyampaiannya disertai dengan alasan dan hambatan yang menyebabkan program kerja tersebut masih belum bisa dilaksanakan. Setelah masing-masing Kadep menyampaikan program kerjanya, seluruh anggota HMJ IPA dipersilahkan untuk bertanya atau menanggapi jika sekiranya masih ada hal yang belum jelas. Selain itu, apabila ada saran bagi program kerja maka bisa disampaikan pada saat itu juga. Karena setiap progja dijelaskan secara mendetail, maka pelaksanaan Rakoor biasanya membutuhkan waktu minimal 1,5 jam. Setelah rangkaian penyampaian progja selesai, selanjutnya adalah pembacaan doa.
