Rapat Koordinasi merupakan rapat yang diikuti oleh seluruh anggota dari tiap departemen HMJ IPA Unesa dan bertujuan untuk membahas serta mengkoordinasikan seluruh program kerja, baik yang telah terlaksana maupun belum terlaksana. Dalam periode ini, telah diadakan rapat koordinasi sebanyak empat kali. Rapat koordinasi yang pertama dilaksanakan pada hari Sabtu, 08 Mei 2021. Kemudian rapat koordinasi kedua dilaksanakan pada hari Sabtu, 03 Juli 2021. Rapat koordinasi yang ketiga dilaksanakan pada hari Kamis, 25 November 2021. Selanjutnya, untuk rapat koordinasi keempat dilaksanakan pada hari Jumat, 31 November 2021.
Dikarenakan sedang dalam masa pandemi Covid-19, rapat koordinasi dilakukan secara online melalui aplikasi Google Meet. Hal tersebut dilakukan untuk mencegah adanya kerumunan. Rapat koordinasi diawali dengan presensi, dilanjutkan dengan doa pembuka, kemudian para Kepala Departemen (Kadep) mewakili untuk menyampaikan seluruh program kerja secara mendetail, baik program kerja yang telah dilaksanakan maupun yang belum terlaksana. Rapat koordinasi biasanya berjalan selama 1,5 hingga 2 jam. Dan jika rapat telah selesai, ditutup dengan pembacaan doa.
