Rapat Koordinasi (RAKOOR) adalah salah satu program kerja dari Badan Pengurus Harian (BPH) HMJ IPA Unesa yang diikuti oleh seluruh anggota dari tiap departemen HMJ IPA Unesa. Kegiatan ini bertujuan untuk membahas serta mengkoordinasikan seluruh program kerja, baik yang telah terlaksana maupun belum terlaksana. Dalam periode ini, telah diadakan rapat koordinasi sebanyak empat kali. Rapat koordinasi yang pertama dilaksanakan pada hari Kamis, 30 Juni 2022. Kemudian rapat koordinasi kedua dilaksanakan pada hari Sabtu, 16 Juli 2022. Rapat koordinasi ketiga dilaksanakan pada hari Selasa, 30 Agustus 2022. Rapat Koordinasi I hingga III dilaksanakan secara online melalui aplikasi Google Meet dikarenakan sedang masa peralihan dari pandemi Covid-19. Selanjutnya, untuk rapat koordinasi keempat dilaksanakan secara offline bertempat di Joglo IPA pada hari Kamis, 19 Januari 2022.
Rapat koordinasi diawali dengan presensi, dilanjutkan dengan doa pembuka, kemudian para Kepala Departemen (Kadep) mewakili untuk menyampaikan seluruh program kerja secara mendetail, baik program kerja yang telah dilaksanakan maupun yang belum terlaksana. Rapat koordinasi biasanya berjalan selama 1,5 hingga 2 jam. Terakhir, rapat koordinasi ditutup dengan doa bersama.