Logo berbentuk lingkaran dengan bertulisan HIMPUNAN MAHASISWA IPA FMIPA UNESA, warna luar berwarna ungu, warna bagian dalam berwarna putih yang di dalamnya terdapat globe yang dililit oleh lintasan kulit atom, terdapat dua padi berwarna merah yang berada pada sisi kiri dan kanan, pada bagian atas globe terdapat bintang berwarna merah.
- Lingkaran melambangkan kebulatan tekad dalam menjaga kekeluargaan organisasi meskipun banyak orang – orang yang berbeda dalam banyak hal serta keharusan untuk mendukung satu sama lain untuk mencapai tujuan yang diinginkan.
- Warna biru melambangkan jati diri yang tangguh yang dimiliki oleh HIMA IPA FMIPA Unesa sebagai organisasi kemahasiswaan yang memiliki kepercayaan dan dapat menampung aspirasi mahasiswa Prodi S1 Pendidikan Sains.
- Warna putih melambangkan kesucian, kejujuran, dan ketulusan dalam menjalankan amanah yang diberikan oleh pengurus HIMA IPA FMIPA Unesa.
- Bintang di atas melambangkan ketuhanan. Dalam menjalankan sebuah organisasi tetap berdasarkan kepada Tuhan Yang Maha Esa.
- Dua Padi pada sisi kanan dan kiri melambangkan keadilan di mana HIMA IPA FMIPA Unesa merupakan organisasi yang menjunjung tinggi keadilan, baik dalam personal maupun kelompok.
- Globe melambangkan HIMA IPA FMIPA Unesa dapat menjalin komunikasi dan kerjasama dengan Organisasi Kemahasiswaan IPA yang ada di universitas-universitas lainnya di seluruh Indonesia.
- Tulisan HIMPUNAN MAHASISWA IPA FMIPA Unesa melambangkan identitas dan jati diri HIMA IPA FMIPA Unesa.
- Padi dan Bintang yang berwarna merah melambangkan bahwa HIMA IPA FMIPA Unesa berada pada satu payung dengan lingkungan Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Negeri Surabaya.
- Garis berwarna kuning melambangkan lintasan orbit atom yang berwarna kuning. Sedangkan warna kuning memiliki arti kebijaksanaan dan optimis. Dari penjelasan ini dapat diartikan bahwa HIMA IPA FMIPA Unesa merupakan Organisasi Kemahasiswaan yang unggul dalam bidang IPA, memiliki keoptimisan, dan kebijaksanaan dalam mengurus organisasi.